SPICAさん、こんにちは。
当事象ですが、出ているのは以下のメッセージでしょうか？
CPF2146
＞ 置き換えられるオブジェクトとオブジェクト XXXXXX の所有者が同じでない。
～CPF2146 のメッセージから抜粋
原因−−ライブラリー XXXLIB のオブジェクト XXXXXX タイプ *PGM の所有者が，置き換えられるオブジェクトの所有者と同じではありません。
QLIRNMO API で作成または名前変更されるオブジェクトは置き換えられるオブジェクトからユーザー・プロファイル (USRPRF) 属性を取るので，これらの所有者は同じでなければなりません。
置き換えることができるのは，ライブラリー XXXLIB のオブジェクト XXXXXX の現在の所有者だけです。
～CPF2146メッセージの抜粋ここまで
このメッセージは該当プログラムオブジェクトのユーザー・プロファイル(USRPRF)パラメータが *OWNER の場合に起こります。
プログラムオブジェクトの確認
＞ DSPPGM PGM(プログラム)
＞ ユーザー・プロファイルを参照
プログラムオブジェクトのユーザー・プロファイルパラメータが *OWNER の場合、例え *ALLOBJ を持っていても置き換えができません。そのため、コンパイル前に該当プログラムオブジェクトを削除する必要があるようです。
また、LPARの別区画では同じことをしても問題なくオブジェクトの入れ替えができる件につきましては、コンパイルしているユーザープロファイル、該当プログラムオブジェクトの所有者、該当オブジェクトのユーザー・プロファイル(USRPRF)パラメータをご確認いただけますでしょうか。
コンパイルしたユーザープロファイルとプログラムオブジェクト所有者が同じならば、ユーザー・プロファイル(OWNER)パラメータが *OWNER でも置き換え可能です。または、プログラムオブジェクトが *USER の場合は置き換え可能です。
以上、確認されてみてはいかがでしょうか？
