自分で調査した回答です。
IBMからSSL証明書を自動更新するソリューションが2025年10月に発表されてましたが、今のところIBM iへのサポートに関する情報は見つからなかったです。
このソリューションはHashiCorp Vaultと Red Hat Ansible Automation Platformを主とする比較的大掛かりなソリューションのようです。
日本IBM、SSL/TLS サーバー証明書有効期間「47日ルール」を克服する新ソリューションを提供開始
https://jp.newsroom.ibm.com/2025-10-30-Vault-AAP-47-days-SSL-TLS-certificate-validity
ただし、イントラで暗号化通信が完結しており、ローカル認証局の証明書を使用している場合に期限短縮の影響といった情報は無いようです。
セキュリティについてはIBM iでも他人事とは言えなくなっているので、iWorld webなどでの情報収集を引き続き行いたいものです。