(自己回答です)
VSCodeで開いた際、エンコードがUTF-8になるのですが、RDi iプロジェクトでインポートされた際のテキストファイルはS-JISでエンコードされていました。大元のIBM i 上のソース物理ファイルのCCSID(文字属性)がEBCDIC(CCSID(5035))だったためと思われます。
(テストしていませんが、元のソース物理ファイルの属性がCCSID(1208) UTF-8ならRDi iプロジェクトでインポート時もUTF-8エンコードでインポートされるのではないでしょうか。)
対応策としては、VSCodeの画面右下部に表示されている、UTF-8 というところをクリックすると、パネルが表示されますので、エンコード付きで再度開く を選択してJapanese(Shift-jis) を選択します。
以上でS-JisエンコードでILE-RPGソースを開き文字化けが解消されました。
詳細はこちらに記述しています:
https://qiita.com/gomAnomalocaris/items/2c673ae0ec1c7f9acc05